A lotaria foi instituída por decreto régio da Rainha D. Maria I, a 18 de Novembro de 1783, autorizando a Santa Casa da Misericórdia de Lisboa a explorar uma lotaria anual, sob tutela e fiscalização da Fazenda Real, sendo os lucros que daí provinham repartidos pelo Hospital Real, Casa dos Expostos e pela Academia Real das Ciências.
A 1ª extração realizou-se a 1 de setembro de 1784 e demorou cerca de 34 dias, com um valor de 1º prémio de 12.000$000 réis.
A Lotaria foi suspensa em 1798, no advento das lotarias reais, ficando a Misericórdia de Lisboa privada de uma importante fonte de receitas e a sua função piedosa comprometida. Seria, no entanto, restabelecida em 1804 mas novamente interrompida até 1811, época das invasões francesas.
Em 1892, a exploração do jogo foi atribuída a uma sociedade privada, e só em 1893 é que a Lotaria passou definitivamente a ser explorada, em regime de monopólio, pela Santa Casa da Misericórdia de Lisboa.
Em 24 de novembro de 1955, através do Decreto-Lei 40 397, a Lotaria assumiu formal e plenamente o nome de Lotaria Nacional, designação que mantém até hoje e que engloba a Lotaria Clássica e Popular.
